10 січня 1939 року указом Президії Верховної Ради СРСР була утворена Сумська область, частиною якої став Конотоп.
Раніше місто було частиною Чернігівської губернії. В 1923 році воно стало центром Конотопського округу, в який входило 15 районів з населенням до 600 тисяч чоловік.
В 1932 року Конотоп встиг побути у складі Київської області, з 1932 по 1939 рік входив до Чернігівської, а з організацією Сумської області у січні 1939 року ввійшов до її складу як районний центр обласного підпорядкування.